最大的区别就是飞行的弹道不一样。弹道导弹，顾名思义，指的是发射以后，基本就无动力了，按照抛物线，加入一点空气的阻力，先在大气层飞行，之后还有再进入大气层的这样一个弹道弧线。弹道导弹入轨以后，按着抛物线的方向来落地。所以它的弹道是容易被预测的。而巡航导弹就像一个小飞机，是靠弾翼、弹体在空气中飞行的时候，产生一定的升力，能够拖住它不坠地。虽然有重力、加速度，但因为有一个升力，可以维持它在空气中航行，所以它要依靠空气飞行。可是弹道导弹没有空气也能飞行。

这两种导弹在执行任务上也有区别，弹道导弹都是作为战略武器使用，打击大中城市。在上世纪50年代有核武器之后，它就主要作为核武器的运载工具。也就是说，它可以打击敌人的大中城市，但是带的是常规弹头，在非核战争的情况下，用这些导弹可以打击敌人纵深的指挥所。但是，巡航导弹打击精度比较高，美国第一批服役的巡航导弹，精度在30米以内。现在的巡航导弹精度一般都在10米以内，现在各国的巡航导弹，都能达到米级的精度。